深圳市三医院以精益管理的理念，健全运营管理体系，健全职能科室绩效评价机制，开展行政MDT，不断提高医院精细化管理水平，持续推动医院高质量发展迈上新台阶。

　　2024年8月12日，深圳市三医院17项管理项目“上榜”医疗卫生服务提质增效创新实践案例。8月31日，深圳市三医院高质量发展案例《“强专科、大综合”——传染病专科医院的高质量发展之路》荣获第十八届中国医院院长年会“公立医院高质量发展标杆实践案例奖”。

　　2024年11月3日，在第十二届全国医院管理工具大会上，深圳市三医院荣获一等奖2项、二等奖1项、三等奖1项。