2024年，深圳市三医院共完成肝移植90例，肾移植110例（胰肾联合移植6例），肺移植10例。10月22日，医院取得了角膜移植手术资质，将常规开展角膜移植手术。

　　2024年6月，深圳市三医院肝脏外科（肝移植科）成功开展一台成人-儿童间原位完全左/右半肝劈离式肝移植手术，这是深圳首例完全左/右半肝劈离式肝移植，也是全国首例自肝血管桥接的成人-儿童间完全左右半肝的劈离式肝移植。2024年，共完成成人间劈离式肝移植22例，全国第一。

　　2024年3月，深圳市三医院胸外科完成深圳首例肺癌术后的双肺移植手术，该患者也是世界首例切除肺肿瘤后又“换肺”的间质性肺病患者。