日前，深圳市第三人民医院（南方科技大学第二附属医院）／国家感染性疾病临床医学研究中心/感染重症医学科卢洪洲教授、王福祥教授团队取得新成果，在医学期刊《感染杂志》Journal of Infection发表论文“Differences caused by blood and secretion samples for the detection of Klebsiellapneumoniae using metagenomic next-generation sequencing: a comparative analysis”（宏基因组学检测血流和分泌物样本中肺炎克雷伯杆菌的差异学研究）（https://authors.elsevier.com/c/1hiLRbASKQlhO）。

肺炎克雷伯菌是一种革兰氏阴性、人类共生菌，可寄生于人体的胃肠道和呼吸道，现已成为一种重要的院内和社区获得性感染致病菌。宏基因组测序在检测微生物感染方面优于传统微生物培养，特别是针对那些难以培养的、新的和未鉴定的病原体。宏基因组检测有以下优势：测序的全面性、培养的非依赖性、新病原菌的发现、样本选择的灵活性、高的灵敏度、耐药基因的识别等，因此测序结果有助于临床实现经验性抗菌药物治疗转变为目标抗菌药物治疗。然而宏基因组测序也有其局限性，包括：假阳性风险、低的胞内菌检出率、高成本、技术操作和生物信息学分析的复杂性、测序结果需进一步验证、不同样本测序效率的差异等。

本研究旨在比较血流和器官/组织分泌样本在宏基因组测序诊断肺炎克雷伯菌感染效率方面的差异。从2019-2022年送检的182例肺克阳性的宏基因组测序样本中挑选出25对、来自同一重症病人的血流和器官/组织分泌物样本宏基因组测序结果进行深入统计分析。结果发现：1）血流样本中肺克检出的reads数量占对应器官/组织分泌物样本中肺克检出的reads数量十分微小，占比中位数为0.38% (四分位间距: 0.03–5.79%)；2）血流样本中检出的微生物数量显著少于对应器官/组织分泌物样本（2.68±1.55 Vs 6.60±3.95，P<0.01）；3）血流和对应器官/组织分泌物样本中共同检测的微生物数量占血流样本中检测微生物的绝大部分，占比中位数为66.67%（四分位间距：50-100%）。基于上述结果得到如下结论：首先、尽管血流样本中肺克序列数量少，但诊断的特异度并不低，因为诊断肺克感染主要依赖特异性的基因序列而非序列数量；其次、血流中的病原体主要来自于器官/组织感染病原菌入血，较少的血流病原菌易于临床医生快速识别真正的致病菌。因此血液采样是利用宏基因组检测肺炎克雷伯菌感染的一种有效方法。

卢洪洲教授、王福祥教授为本文并列通讯作者；深圳市第三人民医院（南方科技大学第二附属医院）／深圳国家感染性疾病临床医学研究中心/感染重症医学科姚伟明医师、冯世艳医师为本文并列第一作者。

原文链接：https://authors.elsevier.com/c/1hiLRbASKQlhO