深圳市肝病研究所依托我院优势医疗资源，于1996年成立，是深圳市唯一市属肝病研究所。以肝病研究所为依托，先后成立了国家感染性疾病临床疫学研究中心、中国医学科学院传染病诊疗中心、广东省新发传染病诊治重点实验室、广东省抗感染药物质量评价重点实验室等。目前肝病研究所总面积近5000平方米，设有病毒学、免疫学、病理学、基因诊断实验室等十个研究实验室，拥有国家NMPA临床药物试验基地、大型肝病/传染病临床队列及生物样本库、生物安全三级实验室（BSL-3）、动物实验室、单细胞检测技术平台（质谱流式细胞仪、成像质谱、10x genomics单细胞测序平台、单细胞WB、显微切割等）、细胞和分子免疫平台（多色流式分析、流式分选、AutoMACS、激光共聚焦等）、临床转化研究平台（新技术临床检验验证基地、临床药物试验基地、GMP生产车间等），配置超过1亿元的科研设备。肝病研究所先后承担国家“十一五”、“十二五”、“十三五”重大专项，国家自然科学基金，省、市级科研百余项，累计科研经费约5000万元，先后获得国家、省、市技术成果，获得专利，并在《新英格兰医学杂志》、《自然》、《科学》、《细胞》等国际权威学术杂志上发表SCI论文60余篇，赢得国际专家的一致认可。此外，一些研究成果已经成功市场转化，促进了我市生物医药技术企业的发展。肝病研究所现有人员63人，其中副高以上职称15人（正高6人，副高9人，硕士及以上学历人员占70%。我院博士后创新基地设立于肝病研究所，自成立以来，先后与中科院微生物所、中山大学等单位联合培养博士后。肝病研究所主要工作内容包括：（1）深入围绕重大传染病和器官移植开展应用基础研究、转化研究和临床研究，主要包括：a) 组织区域免疫特征；b) 新型免疫细胞的发现、鉴定及命运特征；c) 疾病慢性化和重症化机制；d) 新型单细胞诊疗技术及转化等。（2）传染病精准检测。（3）提供研究平台和技术服务，积极开展对外合作研究，包括临床I期试验、GCP、生物样本库、临床队列等。（4）生物安全研究、培训及研发。